支原体污染是细胞培养过程中较常见污染之一，保守估计常规细胞培养中有15–35%存在支原体污染。支原体生长缓慢，不会马上使细胞死亡，但会影响细胞内的各种参数，例如部分支原体会快速消耗培养基中的精氨酸，与细胞竞争营养，从而使细胞的生长速度减慢或停止；同时支原体还可以改变细胞的酶谱、细胞膜成分，造成细胞染色体异常或细胞病理性改变等。

细胞培养过程中，在显微镜下能看到一些小黑点，这些小黑点可以呈点状，也可以呈碎片状，一般在原地振动。抗生素药物对其均无效，一般即可判断为黑胶虫。

黑胶虫可寄生于动物细胞，也可以生存于培养基中，依靠细胞和培养基中的营养为生，并随细胞传代而传代。黑胶虫污染常在细胞复苏、培养条件改变、细胞接种密度低及细胞状态不佳时出现，黑胶虫与细胞竞争性生长，开始时对细胞没有什么影响，但当黑胶虫的数量多到一定程度的时候，细胞生长就会受到影响甚至死亡，严重影响实验进展。

在细胞污染源中，研究人员往往忽略了来自细胞房、培养箱、水浴锅、水盘内的细菌及真菌等污染。保持细胞房大环境绿色安全，对我们获得理想的实验结果也十分重要。

EB（溴化乙锭），属于核酸分子嵌入剂，通常用于分子遗传学、DNA和染色质结构分析等研究中，特别是国内实验室经常使用EB进行凝胶核酸电泳实验的染色。EB作为诱变性的化合物，在人体中诱导突变的机制是不可逆转的。长期使用EB或者所处实验环境中有暴露的EB，都可能对操作人员造成潜移默化的危害，尤其是遗传方面。EB的废液处理不当，也对周围存在生物安全隐患，污染环境。

RNase的存在会降解与其接触的任何RNA分子，导致有价值的样品丢失或干扰实验。由生物体表达制成的生物制品，或者实验环境、平台中易存在RNase残留污染，RNase会迅速降解芯片研究、实时荧光定量PCR、Northern blot、cDNA克隆等实验中的重要样品，导致实验数据的丢失，以及时间或金钱的浪费。

核酸气溶胶污染，即DNA/RNA气溶胶污染，是实验室中极易出现的一种空气污染。空气与液体的液面摩擦，离心机离心，剧烈摇动反应管，PCR开盖，移液器反复吸样，污染物外泄等情况均会产生核酸气溶胶，但更多的是样本间的交叉感染。这类污染的危害对于PCR实验结果尤其显著：极微量的核酸气溶胶污染, 即可形成假阳性。更严重的是，一旦形成气溶胶污染，则可引起整个PCR实验室污染，甚至需要关闭实验室。