长散布核元件-1 (Long Interspersed Nuclear Element-1,LINE-1,L1) 代表一个非长末端重复序列(LTR) 转座因子(TEs) 家族,占人类基因组的17%,约有50万个拷贝广泛分布在基因组中。具有转录活性的L1可以通过转座子的反转录(称为L1逆转录转座子(LRT) )自行繁殖并插入到基因组中的一个基因位点。在其他情况下,通过激活L1反义启动子 (L1-ASP),内含子区域内的L1也可以通过剪接位点转录到基因的邻近外显子中,产生L1基因嵌合转录本 (L1-gene chimeric transcript,LCT),这可能会影响基因的表达或功能。据报道,通过L1-ASP激活的LCTs 在大多数癌症组织中具有异常高表达,并与致癌活性相关。
在这项研究中,作者开发了一种基于局部比对的生物信息学工具 (ReFuse),用于在批量和单细胞 RNA 测序数据中检测肺癌中具有高灵敏度的全基因组 LCT。通过数据对比分析,作者观察到 LCTs 优先参与具有线粒体功能和代谢过程的基因,从而引发有利于肿瘤细胞生长、存活和转移的代谢重组。